Přírodní výběr - Revision history

Rubo01 at 20:22, 10 June 2024

2024-06-10T20:22:09Z

Rubo01 at 18:30, 10 June 2024

2024-06-10T18:30:51Z

Rubo01 at 18:18, 10 June 2024

2024-06-10T18:18:46Z

Rubo01 at 18:05, 10 June 2024

2024-06-10T18:05:32Z

Rubo01 at 17:58, 10 June 2024

2024-06-10T17:58:05Z

Rubo01 at 17:53, 10 June 2024

2024-06-10T17:53:41Z

Rubo01 at 17:45, 10 June 2024

2024-06-10T17:45:11Z

Rubo01 at 17:56, 9 June 2024

2024-06-09T17:56:50Z

Rubo01 at 16:17, 9 June 2024

2024-06-09T16:17:18Z

Rubo01 at 16:16, 9 June 2024

2024-06-09T16:16:51Z

@@ Line 68: / Line 68: @@
 ===Vystrnadění slabšího===
-Jelikož v simulaci izolujeme pouze stejný druh ptactva, řešíme souboj o potravu prostřednictvím velikosti jedinců, kde větší jedinec vyhrává <ref name = fourth> Power Struggles Are Playing Out At Your Feeder—Here’s What To Look For Dostupné z: https://www.allaboutbirds.org/news/power-struggles-are-playing-out-at-your-feeder-heres-what-to-look-for/#</ref>. Protože nelze přesně stanovit, jak velký velikostní rozdíl musí být mezi jedinci, aby k tomu došlo, je tato vlastnost nastavitelná. V příkladu to znamená, že když se k jednomu zdroji potravy sletí více jedinců, zůstane potrava tomu největšímu a nejrychlejšímu. Dalším případem je, když při hledání potravy uvidím zdroj potravy okupován slabším jedincem. V tomto případě jej považuji za volné, protože ho lze vyhnat.
+Jelikož v simulaci izolujeme pouze stejný druh ptactva, řešíme souboj o potravu prostřednictvím velikosti jedinců, kde větší jedinec vyhrává <ref name = fourth> Power Struggles Are Playing Out At Your Feeder—Here’s What To Look For Dostupné z: https://www.allaboutbirds.org/news/power-struggles-are-playing-out-at-your-feeder-heres-what-to-look-for/#</ref>. Protože nelze přesně stanovit, jak velký velikostní rozdíl musí být mezi jedinci, aby k tomu došlo, je tato vlastnost nastavitelná. V příkladu to znamená, že když se k jednomu zdroji potravy sletí více jedinců, zůstane potrava tomu největšímu a nejrychlejšímu. Dalším případem je, když při hledání potravy uvidí zdroj potravy okupován slabším jedincem. V tomto případě jej považuje za volný, protože ho lze vyhnat.
 ===Ukončení cyklu===
@@ Line 76: / Line 76: @@
 * Všichni jedinci jsou již plně nasycení
 * Proběhl nastavitelný počet ticků potřebný k ukončení cyklu
-Na konci cyklu jedinci umírají v případě, že nesehnaly žádnou potravu. Přežívají, pokud sehnaly alespoň jednu a rozmnožují se, pokud získali dvě. Zároveň se resetuje vlastnost eaten-seeds na její původní hodnotu.
+Na konci cyklu jedinci umírají v případě, že nesehnali žádnou potravu. Přežívají, pokud sehnali alespoň jednu a rozmnožují se, pokud získali dvě. Zároveň se resetuje vlastnost eaten-seeds na její původní hodnotu.
 ===Reprodukce===
@@ Line 84: / Line 84: @@
 ==Prostředí==
-Simulované prostředí abstrahuje pouze jedince pěnkav a potravy. Izoluje je tak od jakýchkoli dalších vlivů, to znamená, že v prostředí nevyskytují žádní predátoři a jediná smrt jedinců nastává z nedostatku potravy. Jediné soupeření je mezi jedinci samotnými. V simulaci je velikost prostředí dána velikostí plochy, kde se jedinci pohybují.
+Simulované prostředí abstrahuje pouze jedince pěnkav a potravy. Izoluje je tak od jakýchkoli dalších vlivů, to znamená, že se v prostředí nevyskytují žádní predátoři a jediná smrt jedinců nastává z nedostatku potravy. Jediné soupeření je mezi jedinci samotnými. V simulaci je velikost prostředí dána velikostí plochy, kde se jedinci pohybují.
 ===Semínka===
-Hlavním prvkem v prostředí, mimo pěnkav, které jsme již popsali, je potrava v podobě semínek. Ta jsou začátkem každého cyklu generována náhodně v prostředí s odlišnou hodnotou vlastnosti hardness. Ta pochází z normálního rozdělení, jehož střední hodnotu lze nastavit a rozptylu rovnému jedné. Tento jev je odvozen od vlastnosti beak-depth u pěnkav. Výsledkem je, že různí jedinci zvládnou pozřít různou škálu semínek.
+Hlavním prvkem v prostředí, mimo pěnkav, které jsme již popsali, je potrava v podobě semínek. Ta jsou začátkem každého cyklu generována náhodně v prostředí s odlišnou hodnotou vlastnosti hardness. Ta pochází z normálního rozdělení, jehož střední hodnotu lze nastavit, a rozptylu rovnému jedné. Tento jev je odvozen od vlastnosti beak-depth u pěnkav. Výsledkem je, že různí jedinci zvládnou pozřít různou škálu semínek.
 ====Vlastnosti====
@@ Line 111: / Line 111: @@
 ===Náročné získání potravy===
-V tomto scénáři dojde v prostředí k silnému zvýšení náročnosti získání potravy (seeds-hardness-mean). Tato situace jednou nastala i v reálném světě a již při prvních potomcích byl zaznamenán rozdíl v uzpůsobení zobáku. Můžeme předpokládat podobné závěry i v tomto modelu.
+V tomto scénáři dojde v prostředí k silnému zvýšení náročnosti získání potravy (seeds-hardness-mean). Tato situace jednou nastala i v reálném světě a již u prvních potomků byl zaznamenán rozdíl v uzpůsobení zobáku. Můžeme předpokládat podobné závěry i v tomto modelu.
 Při pozorování této simulace zaznamenáváme zásadní změnu v ustálení populace, nejdříve je náhlý propad, protože umírají jedinci, kteří nejsou schopni získat žádnou potravu. Následně v několika cyklech roste populace, tedy jedinci s lepší vlastností beak-depth se začínají reprodukovat. Po několika dalších cyklech dochází k ustálení opět kolem počtu generovaného jídla.
-Zásadní vliv tohoto prostředí pozorujeme ve vlastnosti beak-depth, která se nyní pohybuje kolem 13mm. Můžeme tedy říci, že změna této vlastnost byla kritickou reakcí na změnu v prostředí.
+Zásadní vliv tohoto prostředí pozorujeme ve vlastnosti beak-depth, která se nyní pohybuje kolem 13mm. Můžeme tedy říci, že změna této vlastnosti byla kritickou reakcí na změnu v prostředí.
 Velikost jedinců se posunula lehce vpravo, jsou tedy o něco větší než původní rozdělní. Tato vlastnost však není signifikantní v tomto prostředí.

@@ Line 51: / Line 51: @@
 * start-y – souřadnice y začínajícího pole, slouží k vrácení na začátek, pokud jedinec sehnal dostatek potravy. Je určena náhodně na začátku cyklu.
 * target – cílová potrava, za kterou pták letí. V průběhu cyklu se mění a určuje se pomocí funkce hledání potravy.
-* speed – rychlost kterou se pohybuje jedinec, je dáno koeficientem 0.7 – jeho velikostí / 100. Čím je jedinec větší, tím větší váhu nese a je o to pomalejší. Samotná rychlost nemá tak významný rozdíl, a jelikož se jedná o stejný typ ptactva, můžeme tuto vlastnost počítat zmíněným způsobem.
+* speed – rychlost kterou se pohybuje jedinec, je dáno koeficientem 0.7 – jeho velikostí / 100. Čím je jedinec větší, tím větší váhu nese a je o to pomalejší. Samotná rychlost nemá tak významný rozdíl, a jelikož se jedná o stejný typ ptactva, můžeme tuto vlastnost počítat zmíněným způsobem. <ref name = second> What Determines The Speed At Which Birds Fly? Dostupné z: https://www.sciencedaily.com/releases/2007/07/070717014442.htm</ref>
 * eaten-seeds – počet zajištěné potravy v cyklu, důležité pro konečnou fázi cyklu. Základem je hodnota nastavena na 0.
-* find-delay – pozastavení hledání na krátkou dobu (10 ticků), pokud je jedinec vystrnaděn z od potravy.
+* find-delay – pozastavení hledání na krátkou dobu (10 ticků), pokud je jedinec vystrnaděn od potravy.
-* beak-depth – vlastnost zobáku jedince, pohybuje se v rozmezí 6-14mm a určuje, kterou potravu je schopen sníst. Základní hodnota je náhodná z normálního rozdělení se střední hodnotou 9 a rozptylem 1.2.
+* beak-depth – vlastnost zobáku jedince, pohybuje se v rozmezí 6-14mm a určuje, kterou potravu je schopen sníst. Základní hodnota je náhodná z normálního rozdělení se střední hodnotou 9 a rozptylem 1.2. <ref name = first> The Galapagos Finches and Natural Selection Dostupné z: https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Introductory_and_General_Biology/General_Biology_(Boundless)/18%3A_Evolution_and_the_Origin_of_Species/18.01%3A_Understanding_Evolution/18.1C%3A_The_Galapagos_Finches_and_Natural_Selection </ref>
-* largeness – velikost jedince, figuruje v možnosti odehnat jiné jedince od potravy (10-27cm) a rychlosti pohybu. Základní hodnota je náhodná z rozmezí 10-15cm.
+* largeness – velikost jedince, figuruje v možnosti odehnat jiné jedince od potravy (10-27cm) a rychlosti pohybu. Základní hodnota je náhodná z rozmezí 10-15cm. <ref name = third> Britannica finch Dostupné z: https://www.britannica.com/animal/finch</ref>
 * Zbarvení – měníme v závislosti na počtu nalezené potravy (0 = zelená, 1 = modrá, 2 = červená)
@@ Line 68: / Line 68: @@
 ===Vystrnadění slabšího===
-Jelikož v simulaci izolujeme pouze stejný druh ptactva, řešíme souboj o potravu prostřednictvím velikosti jedinců, kde větší jedinec vyhrává. Protože nelze přesně stanovit, jak velký velikostní rozdíl musí být mezi jedinci, aby k tomu došlo, je tato vlastnost nastavitelná. V příkladu to znamená, že když se k jednomu zdroji potravy sletí více jedinců, zůstane potrava tomu největšímu a nejrychlejšímu. Dalším případem je, když při hledání potravy uvidím zdroj potravy okupován slabším jedincem. V tomto případě jej považuji za volné, protože ho lze vyhnat.
+Jelikož v simulaci izolujeme pouze stejný druh ptactva, řešíme souboj o potravu prostřednictvím velikosti jedinců, kde větší jedinec vyhrává <ref name = fourth> Power Struggles Are Playing Out At Your Feeder—Here’s What To Look For Dostupné z: https://www.allaboutbirds.org/news/power-struggles-are-playing-out-at-your-feeder-heres-what-to-look-for/#</ref>. Protože nelze přesně stanovit, jak velký velikostní rozdíl musí být mezi jedinci, aby k tomu došlo, je tato vlastnost nastavitelná. V příkladu to znamená, že když se k jednomu zdroji potravy sletí více jedinců, zůstane potrava tomu největšímu a nejrychlejšímu. Dalším případem je, když při hledání potravy uvidím zdroj potravy okupován slabším jedincem. V tomto případě jej považuji za volné, protože ho lze vyhnat.
 ===Ukončení cyklu===
@@ Line 74: / Line 74: @@
 Existuje několik podmínek, které končí jeden cyklus simulace.
 * V prostředí se nenachází žádná potrava
-* Všichni jedinci jsou již plně najedení
+* Všichni jedinci jsou již plně nasycení
 * Proběhl nastavitelný počet ticků potřebný k ukončení cyklu
 Na konci cyklu jedinci umírají v případě, že nesehnaly žádnou potravu. Přežívají, pokud sehnaly alespoň jednu a rozmnožují se, pokud získali dvě. Zároveň se resetuje vlastnost eaten-seeds na její původní hodnotu.
@@ Line 92: / Line 92: @@
 ====Vlastnosti====
-* Hardness – náročnost získání potravy. Porovnává se s vlastností zobáku (<beak-depth)
+* Hardness – náročnost získání potravy. Porovnává se s vlastností zobáku (<beak-depth) <ref name = fifth> Seed mass, hardness, and phylogeny explain the potential for endozoochory by granivorous waterbirds Dostupné z: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029096/</ref>
 * Eat-time – odpočitávadlo pro dobu, kterou musí jedinec strávit získáváním potravy (nastavitelné)
 * Occupied-by – odkaz na agenta pěnkavy, který právě získává potravu z tohoto zdroje.

@@ Line 6: / Line 6: @@
 '''Modelovací nástroj:''' [https://ccl.northwestern.edu/netlogo/ NetLogo]
-Přírodní selekce je základním mechanismem evoluce, který poprvé formuloval Charles Darwin. Tento proces spočívá v tom, že jedinci s vlastnostmi, které jim umožňují lépe se přizpůsobit svému prostředí, mají větší šanci přežít a rozmnožit se. Charles Darwin popsal tři základní principy, které se uplatňují. První říká, že potomci dědí své vlastnosti od svých rodičů. Druhý, že se rodí více jedinců, než přežije. To znamená, že prostředí má omezené zdroje. A třetí, který tvrdí, že potomci se mezi sebou svými vlastnostmi liší. To vede k postupné změně genetického složení populace, protože příznivé vlastnosti se stávají běžnějšími v následujících generacích. Přírodní selekce je tedy klíčovým faktorem v adaptaci organismů na měnící se podmínky prostředí.
+Přírodní selekce je základním mechanismem evoluce, který poprvé formuloval Charles Darwin. Tento proces spočívá v tom, že jedinci s vlastnostmi, které jim umožňují lépe se přizpůsobit svému prostředí, mají větší šanci přežít a rozmnožit se. Charles Darwin popsal tři základní principy, které se uplatňují. První říká, že potomci dědí své vlastnosti od svých rodičů. Druhý, že se rodí více jedinců, než přežije. To znamená, že prostředí má omezené zdroje. A třetí, který tvrdí, že potomci se mezi sebou svými vlastnostmi liší. To vede k postupné změně genetického složení populace, protože příznivé vlastnosti se stávají běžnějšími v následujících generacích. Přírodní selekce je tedy klíčovým faktorem v adaptaci organismů na měnící se podmínky prostředí. <ref name = first> The Galapagos Finches and Natural Selection Dostupné z: https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Introductory_and_General_Biology/General_Biology_(Boundless)/18%3A_Evolution_and_the_Origin_of_Species/18.01%3A_Understanding_Evolution/18.1C%3A_The_Galapagos_Finches_and_Natural_Selection </ref>
@@ Line 133: / Line 133: @@
 Na základě výsledků můžeme konstatovat, že se nám podařilo úspěšně simulovat a analyzovat proces přírodní selekce u pěnkav. Naše simulace poskytla cenné vhledy do toho, jak specifické environmentální podmínky ovlivňují evoluční adaptace a jak různé vlastnosti jedinců mohou být selektivně výhodné v různých situacích.
@@ Line 141: / Line 138: @@
 [[Media:NaturalSelection.nlogo]]

@@ Line 105: / Line 105: @@
 Velikost jedinců se změnila, její hodnoty se pohybují dvěma směry. První je nízká (kolem 9 cm), kdy jsou jedinci rychlejší. Druhým směrem jsou větší jedinci (kolem 14cm), kteří mají výhodu velikosti a dokáží vystrnadit menší jedince.
 Vlastnost beak-depth zůstala téměř beze změny. Největší zastoupení má střední hodnota 9mm a krajní hodnoty vymizely. To znamená, že v tomto prostředí není zapotřebí výrazné uzpůsobení zobáku potravě.
 ===Náročné získání potravy===
@@ Line 112: / Line 115: @@
 Zásadní vliv tohoto prostředí pozorujeme ve vlastnosti beak-depth, která se nyní pohybuje kolem 13mm. Můžeme tedy říci, že změna této vlastnost byla kritickou reakcí na změnu v prostředí.
 Velikost jedinců se posunula lehce vpravo, jsou tedy o něco větší než původní rozdělní. Tato vlastnost však není signifikantní v tomto prostředí.
 ===Menší prostředí s pomalým získáváním potravy===
 V tomto případě je prostředí menší a získávání potravy pomalejší. Výsledkem je signifikantní změna velikosti, která se dostala na průměr 15,5cm. Populace rostla a ustálila se běžným způsobem jako v základní simulaci. Uzpůsobení zobáku zaznamenalo posun k vyšším hodnotám, ale ne tak velkým jako při druhé simulaci.
 =Závěr=
@@ Line 127: / Line 136: @@
 =Reference=
 =Kód=
 [[Media:NaturalSelection.nlogo]]

← Older revision		Revision as of 17:58, 10 June 2024
Line 129:		Line 129:

	=Kód=		=Kód=
		+
		+	[[Media:NaturalSelection.nlogo]]

@@ Line 35: / Line 35: @@
 * World-size – velikost prostředí (32-44)
 * Cycle-lenght – maximální doba jednoho cyklu v počtech ticků (500–1000)
 ==Agenti – pěnkavy==
@@ Line 123: / Line 125: @@
 Na základě výsledků můžeme konstatovat, že se nám podařilo úspěšně simulovat a analyzovat proces přírodní selekce u pěnkav. Naše simulace poskytla cenné vhledy do toho, jak specifické environmentální podmínky ovlivňují evoluční adaptace a jak různé vlastnosti jedinců mohou být selektivně výhodné v různých situacích.
 =Kód=

@@ Line 18: / Line 18: @@
 =Model=
 =Výsledky=
 =Závěr=
 =Kód=

@@ Line 10: / Line 10: @@
 =Definice problému=
 =Metoda=
-Za nejvhodnější metodu modelování považuji multiagentní simulaci, protože v práci využíváme jedinců, kteří působí ve specifickém prostředí, ve kterém interagují s ostatními jedinci, ale také s prostředím samotným.
+Za nejvhodnější metodu modelování považuji multiagentní simulaci, protože v práci využíváme jedinců, kteří působí ve specifickém prostředí. V tomto prostředí interagují s ostatními jedinci, ale také s prostředím samotným.
 =Model=

← Older revision		Revision as of 16:17, 9 June 2024
Line 12:		Line 12:

	=Metoda=		=Metoda=
		+
		+	Za nejvhodnější metodu modelování považuji multiagentní simulaci, protože v práci využíváme jedinců, kteří působí ve specifickém prostředí, ve kterém interagují s ostatními jedinci, ale také s prostředím samotným.

	=Model=		=Model=
−
−	Za nejvhodnější metodu modelování považuji multiagentní simulaci, protože v práci využíváme jedinců, kteří působí ve specifickém prostředí, ve kterém interagují s ostatními jedinci, ale také s prostředím samotným.

← Older revision		Revision as of 16:16, 9 June 2024
Line 14:		Line 14:

	=Model=		=Model=
		+
		+	Za nejvhodnější metodu modelování považuji multiagentní simulaci, protože v práci využíváme jedinců, kteří působí ve specifickém prostředí, ve kterém interagují s ostatními jedinci, ale také s prostředím samotným.