Velká kyslíková katastrofa - Revision history

Trcs00: /* Agenti */

2023-06-12T18:55:29Z

‎Agenti

Trcs00: /* Kód */

2023-06-12T13:09:57Z

‎Kód

Trcs00: /* Parametry */

2023-06-11T14:17:55Z

‎Parametry

Trcs00: /* Závěr */

2023-06-11T11:56:28Z

‎Závěr

Trcs00 at 11:45, 11 June 2023

2023-06-11T11:45:56Z

Trcs00 at 11:45, 11 June 2023

2023-06-11T11:45:26Z

Trcs00 at 11:44, 11 June 2023

2023-06-11T11:44:55Z

Trcs00 at 11:44, 11 June 2023

2023-06-11T11:44:33Z

Trcs00: /* Kód */

2023-06-11T11:41:30Z

‎Kód

Trcs00: /* Parametry */

2023-06-11T11:40:43Z

‎Parametry

@@ Line 20: / Line 20: @@
 * '''Sinice'''
 Sinice jako agenti měli několik funkcí
-# Reprodukce
+* Reprodukce
 Reprodukce je závislá na nastavitelné míře reprodukce a množství energie
-# Pohyb
+* Pohyb
-# Zisk energie jak z živin tak i z fotosyntézy
+* Zisk energie jak z živin tak i z fotosyntézy
 Zisk energie z živin zavisí na množství živin v prostředí. Energie z fotosyntézy na míře produkce kyslíku.
-# Smrt z nedostatku energie nebo změny klimatu
+* Smrt z nedostatku energie nebo změny klimatu
 Pokud je energie nulová, sinice umíra. Pokud začne doba ledová, sinice začnou umírat.
-# Produkce kyslíku
+* Produkce kyslíku
 Produkce kyslíku závisí na nastavitelné míře produkce kyslíku.
 * '''Anaerobní organismy'''
 Anaerobní organismy měli tyto funkce
-# Reprodukce
+* Reprodukce
 Reprodukce je závislá na nastavitelné míře reprodukce a množství energie
-# Pohyb
+* Pohyb
-# Zisk energie z živin
+* Zisk energie z živin
 Zisk energie z živin zavisí na množství živin v prostředí.
-# Smrt z nedostatku energie, intolerance na kyslík nebo změny klimatu
+* Smrt z nedostatku energie, intolerance na kyslík nebo změny klimatu
 Tolerance na kyslík je nastavitelná veličina. Pohybuje se v intervalu od 0-10 %. <ref name = bushh > Bush, L. M., & Vazquez-Pertejo, M. T. . <i> Overview of Anaerobic Bacteria. </i> MSD Manual Professional Edition. 2023 https://www.msdmanuals.com/professional/infectious-diseases/anaerobic-bacteria/overview-of-anaerobic-bacteria </ref>
-# Změna tvaru v případě dostatečného množství kyslíku v atmosféře
+* Změna tvaru v případě dostatečného množství kyslíku v atmosféře
 Změna tvaru organismu na "smutný obličej" nastane, když míra kyslíku v atmosféře překročí 1 %. <ref name = bushh > Bush, L. M., & Vazquez-Pertejo, M. T. . <i> Overview of Anaerobic Bacteria. </i> MSD Manual Professional Edition. 2023 https://www.msdmanuals.com/professional/infectious-diseases/anaerobic-bacteria/overview-of-anaerobic-bacteria </ref>

@@ Line 127: / Line 127: @@
 =Kód=
-[[Media:cyano.nlogo]]
+[[Media:cyannoo.nlogo]]
 =Zdroje=

@@ Line 78: / Line 78: @@
 * '''Sinice a živiny'''
-Sinice mají podle literatury nastavené, že ze živin získávájí 0-20 % energie. <ref name = czanoo >Quintana, N., Van Der Kooy, F., Van De Rhee, M. D., Voshol, G. P., & Verpoorte, R. <i> Renewable energy from Cyanobacteria: energy production optimization by metabolic pathway engineering.  </i>  Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 91(3), 471–490. https://doi.org/10.1007/s00253-011-3394-0 </ref>
+Sinice mají podle literatury nastavené, že ze živin získávájí 0-20 % energie a z fotosyntézy zbylých 80-100 % . <ref name = czanoo >Quintana, N., Van Der Kooy, F., Van De Rhee, M. D., Voshol, G. P., & Verpoorte, R. <i> Renewable energy from Cyanobacteria: energy production optimization by metabolic pathway engineering.  </i>  Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 91(3), 471–490. https://doi.org/10.1007/s00253-011-3394-0 </ref>
 * '''Anaerobní organismy a živiny'''
 Anaerobní organismy mají podle literatury nastavené, že ze živin získávájí 80-100 % energie. <ref name = aneroo > Decker, K., Jungermann, K., & Thauer, R. K. <i> Energy production in anaerobic organisms.  </i> Angewandte Chemie, 1970, 9(2), 138–158. https://doi.org/10.1002/anie.197001381  </ref>

← Older revision		Revision as of 11:56, 11 June 2023
Line 112:		Line 112:

	=Závěr=		=Závěr=
		+	V tomto projektu jsem vytvořil multiagentní simulaci pomocí programu NetLogo ke studiu dopadu vývoje kyslíku u sinic prostřednictvím fotosyntézy, který vedl k významným změnám v zemské atmosféře a masovému vymírání. Cílem simulace bylo prozkoumat dynamiku mezi anaerobními organismy a sinicemi produkujícími kyslík a simulovat možné prostředí během Velké kyslíkové katastrofy.
		+
		+	Do simulace jsem začlenil různé parametry a globální proměnné pro řízení simulace, včetně maximální velikosti populací anaerobních organismů, hladiny kyslíku, tolerance kyslíku, rychlosti produkce kyslíku a dynamiky živin. Tyto parametry nám umožnily manipulovat a pozorovat různé scénáře a jejich dopad na ekosystém.
		+
		+	V průběhu simulace se organismy pohybovaly, konzumovali živiny, rozmnožovaly se a čelily smrti v závislosti na úrovni energie, dostupnosti živin a toleranci kyslíku. Zavedli jsme kyslíkový práh, abychom určili, kdy se začne projevovat pravděpodobnost smrti anaerobních organismů v důsledku vysoké hladiny kyslíku.
		+
		+	Navíc jsem vytvořil možnost vykreslit do grafu hladinu kyslíku v čase a počet organismů a živin, což umožňuje vizuální sledování její dynamiky během simulace.
		+
		+	Simulace umožnila nahlédnout do důsledků vývoje kyslíku u sinic, například do možného vymírání anaerobních organismů, když hladina kyslíku překročí určité prahové hodnoty. Úpravou parametrů jsme mohli sledovat, jak změny v dostupnosti živin, velikosti populace a toleranci kyslíku ovlivňují výsledky.
		+
		+	Celkově tento projekt poukazuje na možnosti agentového modelování a simulace pro pochopení složitých ekologických procesů a historických událostí. Simulace slouží jako užitečný nástroj pro studium dynamiky vývoje kyslíku a jeho vlivu na rané ekosystémy Země a usnadňuje další zkoumání a experimentování s různými scénáři a nastavením parametrů.
		+
		+	Budoucí vylepšení simulace by mohla zahrnovat začlenění dalších ekologických faktorů, jako jsou změny prostředí, vytvoření více agentů a parametrů prostředí, aby se vytvořil komplexnější model dynamiky ekosystému během přechodu na okysličenou atmosféru.

	=Kód=		=Kód=

← Older revision		Revision as of 11:45, 11 June 2023
Line 1:		Line 1:
−	Přítomnost kyslíku na Zemi považujeme za samozřejmost. Kyslík však v zemské atmosféře chyběl téměř polovinu života naší planety. Když Země před přibližně 4,5 miliardami let vznikala, měla výrazně odlišné podmínky než na které jsme zvyklí dnes. V té době měla Země redukční atmosféru, která se skládala z oxidu uhličitého, metanu a vodní páry, na rozdíl od dnešní atmosféry, která se skládá především z dusíku a kyslíku. Přestože sluneční světlo štěpilo vodní páru v atmosféře na kyslík a vodík, kyslík rychle reagoval s metanem a uzavřel se v zemské kůře, takže v atmosféře nezanechal téměř žádné stopy. Tohle vše se změnilo s nástupem jednoho z nejdůležitějších organismů na naší planetě: '''Sinice'''. <ref = naturkkeekk > Olejarz, J., Iwasa, Y., Knoll, A. H., & Nowak, M. A. <i> The Great Oxygenation Event as a consequence of ecological dynamics modulated by planetary change. </i> Nature Communications, 2021, 12(1). https://doi.org/10.1038/s41467-021-23286-7 </ref>	+	Přítomnost kyslíku na Zemi považujeme za samozřejmost. Kyslík však v zemské atmosféře chyběl téměř polovinu života naší planety. Když Země před přibližně 4,5 miliardami let vznikala, měla výrazně odlišné podmínky než na které jsme zvyklí dnes. V té době měla Země redukční atmosféru, která se skládala z oxidu uhličitého, metanu a vodní páry, na rozdíl od dnešní atmosféry, která se skládá především z dusíku a kyslíku. Přestože sluneční světlo štěpilo vodní páru v atmosféře na kyslík a vodík, kyslík rychle reagoval s metanem a uzavřel se v zemské kůře, takže v atmosféře nezanechal téměř žádné stopy. Tohle vše se změnilo s nástupem jednoho z nejdůležitějších organismů na naší planetě: '''Sinice'''. <ref name = naturkkeekk > Olejarz, J., Iwasa, Y., Knoll, A. H., & Nowak, M. A. <i> The Great Oxygenation Event as a consequence of ecological dynamics modulated by planetary change. </i> Nature Communications, 2021, 12(1). https://doi.org/10.1038/s41467-021-23286-7 </ref>

−	Vzhledem k tomu, že před 2,7 miliardami let, kdy se vyvinuly sinice, byl život zcela anaerobní, předpokládá se, že kyslík působil jako jed a vyhubil velkou část anaerobního života, čímž došlo k vymírání. Pro vědce se ukázalo jako obtížný úkol odhadnout konkrétní linie, které zanikly, vzhledem k nedostatku konkrétních fosilních důkazů mikroorganismů. Přeci se ale vytvořily podmínky, které byly zralé pro další velký krok v evoluci: aerobní metabolismus. <ref = naturkkeekk > Olejarz, J., Iwasa, Y., Knoll, A. H., & Nowak, M. A. <i> The Great Oxygenation Event as a consequence of ecological dynamics modulated by planetary change. </i> Nature Communications, 2021, 12(1). https://doi.org/10.1038/s41467-021-23286-7 </ref>	+	Vzhledem k tomu, že před 2,7 miliardami let, kdy se vyvinuly sinice, byl život zcela anaerobní, předpokládá se, že kyslík působil jako jed a vyhubil velkou část anaerobního života, čímž došlo k vymírání. Pro vědce se ukázalo jako obtížný úkol odhadnout konkrétní linie, které zanikly, vzhledem k nedostatku konkrétních fosilních důkazů mikroorganismů. Přeci se ale vytvořily podmínky, které byly zralé pro další velký krok v evoluci: aerobní metabolismus. <ref name = naturkkeekk > Olejarz, J., Iwasa, Y., Knoll, A. H., & Nowak, M. A. <i> The Great Oxygenation Event as a consequence of ecological dynamics modulated by planetary change. </i> Nature Communications, 2021, 12(1). https://doi.org/10.1038/s41467-021-23286-7 </ref>

← Older revision		Revision as of 11:44, 11 June 2023
Line 1:		Line 1:
−	Přítomnost kyslíku na Zemi považujeme za samozřejmost. Kyslík však v zemské atmosféře chyběl téměř polovinu života naší planety. Když Země před přibližně 4,5 miliardami let vznikala, měla výrazně odlišné podmínky než na které jsme zvyklí dnes. V té době měla Země redukční atmosféru, která se skládala z oxidu uhličitého, metanu a vodní páry, na rozdíl od dnešní atmosféry, která se skládá především z dusíku a kyslíku. Přestože sluneční světlo štěpilo vodní páru v atmosféře na kyslík a vodík, kyslík rychle reagoval s metanem a uzavřel se v zemské kůře, takže v atmosféře nezanechal téměř žádné stopy. Tohle vše se změnilo s nástupem jednoho z nejdůležitějších organismů na naší planetě: '''Sinice'''. <ref = natureekk > Olejarz, J., Iwasa, Y., Knoll, A. H., & Nowak, M. A. <i> The Great Oxygenation Event as a consequence of ecological dynamics modulated by planetary change. </i> Nature Communications, 2021, 12(1). https://doi.org/10.1038/s41467-021-23286-7	+	Přítomnost kyslíku na Zemi považujeme za samozřejmost. Kyslík však v zemské atmosféře chyběl téměř polovinu života naší planety. Když Země před přibližně 4,5 miliardami let vznikala, měla výrazně odlišné podmínky než na které jsme zvyklí dnes. V té době měla Země redukční atmosféru, která se skládala z oxidu uhličitého, metanu a vodní páry, na rozdíl od dnešní atmosféry, která se skládá především z dusíku a kyslíku. Přestože sluneční světlo štěpilo vodní páru v atmosféře na kyslík a vodík, kyslík rychle reagoval s metanem a uzavřel se v zemské kůře, takže v atmosféře nezanechal téměř žádné stopy. Tohle vše se změnilo s nástupem jednoho z nejdůležitějších organismů na naší planetě: '''Sinice'''. <ref = natureekk > Olejarz, J., Iwasa, Y., Knoll, A. H., & Nowak, M. A. <i> The Great Oxygenation Event as a consequence of ecological dynamics modulated by planetary change. </i> Nature Communications, 2021, 12(1). https://doi.org/10.1038/s41467-021-23286-7 </ref>

−	Vzhledem k tomu, že před 2,7 miliardami let, kdy se vyvinuly sinice, byl život zcela anaerobní, předpokládá se, že kyslík působil jako jed a vyhubil velkou část anaerobního života, čímž došlo k vymírání. Pro vědce se ukázalo jako obtížný úkol odhadnout konkrétní linie, které zanikly, vzhledem k nedostatku konkrétních fosilních důkazů mikroorganismů. Přeci se ale vytvořily podmínky, které byly zralé pro další velký krok v evoluci: aerobní metabolismus. <ref = natureekk > Olejarz, J., Iwasa, Y., Knoll, A. H., & Nowak, M. A. <i> The Great Oxygenation Event as a consequence of ecological dynamics modulated by planetary change. </i> Nature Communications, 2021, 12(1). https://doi.org/10.1038/s41467-021-23286-7	+	Vzhledem k tomu, že před 2,7 miliardami let, kdy se vyvinuly sinice, byl život zcela anaerobní, předpokládá se, že kyslík působil jako jed a vyhubil velkou část anaerobního života, čímž došlo k vymírání. Pro vědce se ukázalo jako obtížný úkol odhadnout konkrétní linie, které zanikly, vzhledem k nedostatku konkrétních fosilních důkazů mikroorganismů. Přeci se ale vytvořily podmínky, které byly zralé pro další velký krok v evoluci: aerobní metabolismus. <ref = natureekk > Olejarz, J., Iwasa, Y., Knoll, A. H., & Nowak, M. A. <i> The Great Oxygenation Event as a consequence of ecological dynamics modulated by planetary change. </i> Nature Communications, 2021, 12(1). https://doi.org/10.1038/s41467-021-23286-7 </ref>

← Older revision		Revision as of 11:41, 11 June 2023
Line 115:		Line 115:
	=Kód=		=Kód=
	[[Media:cyano.nlogo]]		[[Media:cyano.nlogo]]
		+
		+	=Zdroje=

@@ Line 80: / Line 80: @@
 Sinice mají podle literatury nastavené, že ze živin získávájí 0-20 % energie. <ref name = czanoo >Quintana, N., Van Der Kooy, F., Van De Rhee, M. D., Voshol, G. P., & Verpoorte, R. <i> Renewable energy from Cyanobacteria: energy production optimization by metabolic pathway engineering.  </i>  Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 91(3), 471–490. https://doi.org/10.1007/s00253-011-3394-0 </ref>
 * '''Anaerobní organismy a živiny'''
-Anaerobní organismy mají podle literatury nastavené, že ze živin získávájí 80-100 % energie.
+Anaerobní organismy mají podle literatury nastavené, že ze živin získávájí 80-100 % energie. <ref name = aneroo > Decker, K., Jungermann, K., & Thauer, R. K. <i> Energy production in anaerobic organisms.  </i> Angewandte Chemie, 1970, 9(2), 138–158. https://doi.org/10.1002/anie.197001381  </ref>
 * '''Tolerance kyslíku'''
-Kyslík začne být pro anaerobní organismy toxický když dosáhne 1 % v atmosféře.
+Kyslík začne být pro anaerobní organismy toxický když dosáhne 1 % v atmosféře. <ref name = bushh > Bush, L. M., & Vazquez-Pertejo, M. T. . <i> Overview of Anaerobic Bacteria. </i> MSD Manual Professional Edition. 2023 https://www.msdmanuals.com/professional/infectious-diseases/anaerobic-bacteria/overview-of-anaerobic-bacteria </ref>
 == Scénář velké kyslíkové katastrofy ==